拥有一头(✒)青色头发的男主角名字将(jiāng )(🕋)叫作深(shēn )井 青(フカイ·アオ，这名(míng )字在日(rì )语中带(dài )有(🐮)“深(shēn )青”的意(yì )义），是一名13岁(📼)少年。青的父(🕔)亲(🔸)兰顿·萨(🗄)斯顿(Renton Thurston、レントン(😚)·サーストン(🖍))行踪不明，而母亲(🔊)优(💞)莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带(dài )走(💻)了。由于继承了母亲的特殊基(㊙)因，使得(💪)他能(🎾)够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为(wéi )20nm大小(xiǎo )(🧟)的光粒(lì )子，红外线(🗳)、(🤘)紫外(❕)线(💝)等等（但在外太空(kōng )这一(yī )特(🦇)殊(shū )生理受到(dào )限制(⛏)）。小(🥋)时与诊疗(liáo )所里的老医生深井(jǐng ) 敏夫一同(tóng )生活，现(🔍)正(zhèng )在Generation Blue（蓝色(🚲)世(shì )代(🔎)）(🌂)中(zhōng )(🔙)。
(🛃) 女主角的名(míng )字将(jiāng )是(shì )阿拉塔·娜露，同样是(shì )13岁，是与青一同(tóng )成(chéng )长的青梅竹马。娜(⏭)露因为(🤠)童年时(shí )(😂)的事故(👧)而使拥(⛱)有(🥈)”ユタ”的力量(犹达，是日本(běn )冲(🌸)绳(shéng )以占卜(bo )为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊(📒)瑚岩心(xīn )声(🍆)的特异功能，这(🆕)是因(🕠)为(💓)珊瑚(hú )岩(yán )(🏫)的一(yī )部分在她体内(😎)成长，从某种程(🔘)度上来(lái )说她和(hé )珊瑚岩存在部分融合，但(dàn )正是因为这(zhè )(🍩)样，导致她自小身(🐣)体虚(xū )弱，需要(🏥)把氧气放(⏫)入(rù )在(📦)手上的吸(🛺)氧(yǎng )器，现与父(🎅)亲(qīn )(🚰)、妹(🈹)妹及(🏚)祖母(🈶)一同(tóng )生活中(zhōng )(🤺)。
本作(zuò )的(🎄)舞(wǔ )台也设定(🔤)在冲(🔷)绳的磐户岛(🍶)上，当时的(de )(📊)磐户岛正进行著自治权(quán )回复运动，但在某一天，在岛(dǎo )上(🎑)出现(xiàn )的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的(🀄)攻击，而为了保护磐(pán )户岛，男(nán )主(zhǔ )(🗄)角(jiǎo )青与(yǔ )人型IFO（Intelligent Flying Object）相(🚊)遇，并(🚲)与G-Monster战斗的故(gù )事就(jiù )(🏉)此展(🐼)开。